Analyse d’images de microscopie optique

Analyse d’images de microscopie optique

Biosit - Equipements - Microscopie - Hotte le 7 mai 2019

Accroche

Acquérir les bases théoriques de l’analyse d’images de microscopie photonique. Connaître les différentes méthodes d’analyse d’images et leurs applications.

En pratique

Libellé réglementaire
Analyse d’images de microscopie optique
Type de diplôme
Formation courte
Niveau de sortie
Sans objet
Modalités pédagogiques
Présentiel
Capacité d'accueil
20
Langue de la formation
Français
Localisation(s) des enseignements
Rennes

Présentation

Publics

La formation, s’adresse aux ingénieurs, chercheurs, doctorants et post-doctorants, étudiants de master 2.

Compétences développées

Le but de cette formation est de donner aux stagiaires les bases théoriques et pratiques en analyse d’images de microscopie.
Les notions tels que la quantification, la segmentation, la classification des objets seront abordées en théorie et en pratique à l’aide de logiciels open source gratuits et accessibles à tous. L’automatisation de l’analyse via des macros sera également présentée.
Une demi-journée sera consacrée au traitement des images apportées par les stagiaires.

Partenaires de la formation

Organisateur : plateforme analyse d’images MRic (Microscopy Rennes Imaging Center) rattachée à Biosit : biologie, santé, innovation technologique, SFR UMS CNRS 3480 – INSERM 018
MRic fait partie de France-BioImaging, infrastructure de recherche nationale en imagerie biologique

Organisation pédagogique

Théorie

Durée : 5 h
Contenu des enseignements :

  • Qu’est-ce qu’une image ?
  • Mesures d’intensité de fluorescence et quantification
  • Filtrage et débruitage
  • Segmentation et classification des objets
Pratique

Durée : 14.5 h
Contenu des enseignements :

  • Initiation à la manipulation des images dans un logiciel d’analyse d’images open source (IMAGE J)
  • Traitement des images (filtrage/débruitage)
  • Ecriture de macros
  • Travaux pratiques optionnels (tracking, colocalisation, montage de figures, macro avancée)
  • Travaux pratiques sur les images fournies par les participants

Lieu : Campus de Villejean (Rennes) – Université de Rennes 1

Calendrier de la formation

Durée de la formation : 3 jours complets + une demi-journée
Prochaine session : 21-23 février 2022 puis le 16 mars 2022 [COMPLET]

Méthodes pédagogiques

Alternance de cours théoriques et pratiques.
Travaux pratiques sur des postes informatiques individuels (ordinateur personnel si possible).

Equipe pédagogique

Intervenants :
Théorie : Marc TRAMIER, Sébastien HUET, Hélène BOUVRAIS, Jacques PECREAUX
Pratique : Stéphanie DUTERTRE, Marc TRAMIER, Sébastien HUET, Giulia BERTOLIN, Jacques PECREAUX, Thierry PECOT

    Contact(s)

    Stéphanie DUTERTRE
    Technical manager (photonic)
    stephanie.dutertre [at] univ-rennes1.fr
    Florence MORFOISSE
    Chargée de mission
    florence.morfoisse [at] univ-rennes1.fr

    Pré-requis

    Pas de pré-requis impératifs si ce n’est utiliser ou vouloir utiliser des méthodes d’analyse d’images

    Modalités de candidature et constitution du dossier

    Les personnels d'unités de recherche doivent compléter la fiche de renseignement disponible en téléchargement.

    Coût de la formation

    • Structure de recherche (publique) : 400 €
    • Doctorant, post-doctorant, étudiant : 200 €
    • Salariés : tarifs sur devis, nous consulter
    Last updated: lun, 24/01/2022 - 10:33