Vous êtes ici

  1. Accueil
  2. Applications en microbiologie

Applications en microbiologie

Applications en microbiologie

En pratique :

Volume horaire de cours : 18
Volume horaire global de TD : 12
Volume horaire global de TP : 23
Volume horaire pour d'autres type d'enseignement : 2
Langue principale : français
Nombre de crédits européens : 6

Description du contenu de l'enseignement

Programme des enseignements :
·Cours

  • Méthodes et agents anti-infectieux (physiques, chimiques, antibiotiques et mécanismes de résistance).
  • Méthodes de caractérisation moléculaire en deçà de l'espèce bactérienne (notion de souches, de clonalité des espèces bactériennes).
  • Processus métaboliques mis en œuvre dans les fermentations, l'altération et la bioremédiation. Méthodes et techniques utilisées pour qualifier ces processus métaboliques.
  • Mécanismes de virulence bactérienne.

·Travaux dirigés
Les séances de TD sont partagées en :
(1) : des TD où des exercices proposés aux étudiants porteront sur les différents points abordés en cours. L'objectif est de développer l’aptitude à raisonner sur des problèmes de microbiologie incluant les problématiques d'utilisation des agents anti-microbiens, d'épidémiologie et des activités métaboliques bactériennes et ainsi appliquer les concepts vus en cours à des données expérimentales.
(2) : des TD directement en lien avec les travaux pratiques, pour leur permettre de mettre en place leur organisation pour gérer plusieurs expériences simultanées en tenant compte de la disponibilité des appareils, d'analyser et de critiquer en groupe les résultats obtenus et de savoir exposer oralement ou par écrit les résultats qu'ils auront obtenus. Cette partie sera dispensée en anglais.
·Travaux pratiques
Au cours de cinq séances de TP, les étudiant-e-s apprendront à :
-préparer des solutions, des milieux de culture,
-déterminer les principales caractéristiques de résistances à des antibiotiques,
-rechercher des bactéries dans des matrices définies
-mettre en œuvre des techniques de dosage pour le suivi de processus métaboliques bactériens


Compétences à acquérir

Objectifs :
Le but de ce cours est :

  • de décliner des applications liées à l'activité des micro-organismes procaryotes que sont les bactéries
  • d'aborder les principes des différentes méthodes de caractérisation moléculaire en deçà de l'espèce pour des études épidémiologiques en lien avec des procédés impliquant les bactéries en tenant compte des aspects délétères ou bénéfiques liés à l'activité des bactéries.
  • De comprendre, par des exemples, les mécanismes génétiques de virulence de bactéries pathogènes afin d'appréhender et de décliner des méthodes de détection et de caractérisation
  • De connaître les agents et méthodes anti-infectieux, de prendre en compte les problématiques de l'antibiorésistance (compréhension des mécanismes d'action et de résistance, mise en œuvre des techniques de caractérisation de l'efficacité des agents anti-bactériens)
  • d'aborder les processus métaboliques mis en œuvre dans les fermentations et la bioremédiation de certains polluants

Compétences acquises :
À la fin de ces enseignements, l'étudiant doit :
·maitriser des processus métaboliques, les mécanismes d'antibiorésistance, certains mécanismes de virulence bactérienne
·pouvoir décliner à partir des savoirs des stratégies de contrôle des bactéries et des méthodes utiles en épidémiologie
·être capable de manipuler les techniques de bases d'un laboratoire de microbiologie tout en comprenant les principes des techniques utilisées (travailler stérilement avec des bactéries, mettre en œuvre des techniques de recherche de pathogène dans une matrice donnée (méthodes culturales et PCR), de pouvoir déterminer les principales caractéristiques de l'antibiorésistance, de mettre en œuvre d'outils permettant le suivi de processus métaboliques intervenant dans les fermentations ou la bioremédiation
Être capable de s'organiser pour gérer plusieurs expériences simultanées, de pouvoir retranscrire des résultats et d'avoir une analyse critique.


Modalités pédagogiques

  • hybride
  • en présence

Pré-requis

Pré-requis obligatoires

Pré-requis
Notions sur les bactéries (structure et métabolisme) et des bases sur la structure et l'expression des gènes chez les bactéries. L'ensemble de ces notions auront été acquises en L2 dans l'UE Bactériologie Générale.