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Bioinformatique et génomique

Bioinformatique et génomique

En pratique :

Volume horaire de cours : 12
Volume horaire global de TD : 18
Volume horaire global de TP : 23
Volume horaire pour d'autres type d'enseignement : 2
Langue principale : français
Nombre de crédits européens : 6

Description du contenu de l'enseignement

Programme des enseignements :
·Cours

  • Partie bioinformatique :
      Techniques de comparaison des gènes et des génomes (dot plot, blast…)
  • Techniques permettant de retracer l’évolution moléculaire (arbres phylogénétiques…)
  • Bases de données de type « omique »
  • Partie génomique :
      Technologies permettant d’étudier la génomique fonctionnelle (puces à ADN pour l’analyse du transcriptome, des miRNAs, de l’épissage alternatif…)
  • Technologies permettant d’étudier la génomique structurale (CGH array, étude des SNPs, méthylation de l’ADN…)
  • Nouvelles technologies de séquençage (NGS)

·Travaux dirigés

  • Les TDs de bioinformatique proposeront des applications du cours et des TD ainsi qu'un travail sur projet.
  • Les TDs de génomique permettront de réaliser un mini-projet sur le NGS. Après avoir recensé et compris les technologies existantes, les étudiants réfléchiront sur les perspectives qu’elles engendrent.

·Travaux pratiques

  • Au cours des TPs de bioinformatique, plusieurs thèmes concrets seront abordés autour de l'analyse comparative des gènes et les génomes : extraction des données stockées dans les banques, utilisation de logiciels puis l'interprétation biologique des résultats obtenus
  • Au cours des TPs de génomique, les étudiants apprendront à interpréter les résultats des analyses de transcriptomique. Plusieurs séances de TP seront organisées sur l’analyse du rythme circadien chez Ostreococcus tauri : de la conception des puces à ADN jusqu'à l’obtention des gènes différentiellement exprimés.

Compétences à acquérir

Objectifs :
Les buts de ce cours sont :
·Appréhender les défis que représente la production en masse de données biologiques hétérogènes (big data).
·Donner des connaissances générales sur l'organisation des principales bases de données de type « omique » afin d'acquérir l'autonomie indispensable pour dans leur utilisation raisonnée.
·Fournir une méthodologie pour réaliser un projet de bioinformatique, y compris construire des jeux de données, sélectionner les logiciels appropriés et les paramétrer, puis analyser les résultats.
·Donner des connaissances solides sur les différentes technologies haut débit au service des données de type « omique » (génomique, protéomique et métabolomique…).
·Initier à différents tests statistiques standards permettant d’analyser les données « de masse » générées avec ces technologies.
Compétences acquises :
À la fin de ces enseignements l'étudiant doit :
·Maitriser les notions de génomiques fonctionnelle et structurale,
·Savoir utiliser de manière raisonnée et appropriée des bases de données et des logiciels de bioinformatique,
·Comprendre et proposer des plans expérimentaux à partir des approches à haut débit.


Modalités pédagogiques

  • hybride
  • en présence

Pré-requis

Pré-requis obligatoires

Pré-requis
Aucun en dehors des connaissances de niveau L2 de biologie nécessaires pour le passage en L3.