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Microbiologie des eaux et des sols

Microbiologie des eaux et des sols

En pratique :

Volume horaire de cours : 16
Volume horaire global de TD : 14
Volume horaire global de TP : 21
Volume horaire pour d'autres type d'enseignement : 4
Langue principale : français
Nombre de crédits européens : 6

Description du contenu de l'enseignement

Programme des enseignements :
· Cours
1. Microrganismes : diversité et fonctions (diversité et arbre de vie, concept d'espèce, thermodynamique de la vie et fitness, approches traditionnelles et moléculaires, environnements microbiens).
2. Microorganismes et biodégradation de la matière organique ( processus de décomposition et de minéralisation, cycles biogéochimiques carbone et azote, biomasse et production microbiennes, boucle microbienne et recyclage des éléments, shunt viral).
3. Résistance et survie aux contraintes de l'environnement (stratégies collectives de résistance, mécanismes d'adaptation aux contraintes).
4. Microbiologie et gestion des risques (pathogénie, contaminations bactériennes telluriques, microalgues toxiques, protozoaires parasites).
5. Modélisation des réseaux trophiques microbiens aquatiques (systèmes dynamiques, grands types de modèles en écologie microbienne).

· Travaux dirigés
1. Qualité de l'eau et risques sanitaires.
2. Initiation à la modélisation de systèmes écologiques simples (modélisation pas à pas : dynamique des communautés planctoniques).
3. Impact de l'Homme sur les réseaux trophiques microbiens et le recyclage du carbone et de l'azote dans les sols.

· Travaux pratiques et excursion
1. Visites commentées de 2 stations d'épuration des eaux et prélèvements par les étudiants d'échantillons pour la comparaison de l'activité microbiologique et la caractérisation biochimique d'eaux traitées et de boues activées.
2. Mise au point d'un protocole expérimental pour l'étude comparative de l'activité microbienne de sols et l'identification de facteurs de contrôle de cette activité dans les écosystèmes naturels (comparaison des flux de carbone et facteurs limitant l'activité des microorganismes dans 2 types de sols forestiers à statut trophique contrasté).


Compétences à acquérir

Objectifs :

  • Faire comprendre le rôle de la biodiversité microbienne dans le fonctionnement des milieux naturels et artificiels.
  • Faire comprendre l'intérêt de l'utilisation des microorganismes comme indicateurs de qualité des eaux et des sols.
  • Initier aux méthodes de l'écologie microbienne.

Compétences acquises :
À la fin de ces enseignements l'étudiant doit :
·maîtriser les grands concepts de l'écologie microbienne (écologie des communautés, écologie fonctionnelle)
·maitriser les méthodes de bases en microbiologie appliquée à la qualité des milieux.
avoir compris le rôle majeur des microrganismes dans le fonctionnement des écosystèmes (flux d'énergie, de matière et d'éléments).


Modalités pédagogiques

  • hybride
  • en présence

Pré-requis

Pré-requis obligatoires

Pré-requis
UE "Ecologie et Environnement" ou équivalent