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Outils bioinformatiques

Outils bioinformatiques

En pratique :

Volume horaire de cours : 4
Volume horaire global de TD : 12
Volume horaire global de TP : 8
Langue principale : français
Nombre de crédits européens : 3

Description du contenu de l'enseignement

Programme des enseignements :

·Cours
Le cours se focalise sur les relations assemblage de génomes / séquences nucléique et protéiques / inférence de fonction. Les cours magistraux seront dédiés à l’introduction à la génomique environnementale, de façon à cerner les enjeux mis en œuvre dans le projet Annotathon.

·Travaux pratiques
Les travaux pratiques sont entièrement dédiés à l’utilisation du pipeline d’analyses de l’Annothaton.

·Travaux dirigés
Les travaux dirigés sont dédiés à l’apprentissage par l’exemple des problématiques de bioinformatiques :

  • Assemblage de génomes ;
  • Séquence nucléique, recherche d’ORFs, séquence protéique ;
  • Alignement de séquences 2 à 2 ;
  • BLAST.

Compétences à acquérir

Objectifs :
Ce cours se focalise sur les relations assemblage de génomes / séquences nucléique et protéiques / inférence de fonction. Les principaux concepts abordés sont :

  • Introduction à la génomique environnementale ;
  • Assemblage de génomes ;
  • Séquence nucléique, recherche d’ORFs, séquence protéique ;
  • Alignement de séquences 2 à 2 ;
  • BLAST.

La partie centrale du cours repose sur l’utilisation de l’outil Annotathon afin que les étudiants mettent en pratique les concepts abordés via l’annotation de séquences issues du projet TARA océans.

Compétences acquises :
Compréhension des problématiques bioinformatiques abordées ;
Utilisation d’outils standards via le pipeline de l’Annotathon (ORF Finder, BLAST, outils de phylogénie…)
 


Modalités pédagogiques

  • en présence