En pratique :

Volume horaire global de TD : 14
Volume horaire global de TP : 10
Langue principale : français
Nombre de crédits européens : 3

Description du contenu de l'enseignement

Ce cours illustre l’intérêt des méthodes informatiques pour l’analyse de données biologiques. Il s’appuie sur les prérequis Informatique 1 et Probabilités, prépare aux cours de « Algorithmique du texte et bioinformatique » du master1 d’informatique, ainsi qu’au master de bioinformatique.
1 – Initiation à la simulation : le modèle proies-prédateurs

  • Séance 1 : Modèle théorique et prise en main de R
  • Séances 2 et 3 : mise en pratique

2 – Analyse de séquences

  • Séance 4
  • Séances 5 et 6 : alignement de séquences et problème du passage à l’échelle
  • Séance 7 : blast
  • Séances 8 et 9 : projet
  • Séance 12 : restitution projet

3 – Analyse de données d’expression de gènes et caractérisation fonctionnelle

  • Séance 10 : identification des gènes différentiellement exprimés entre une situation saine et une situation pathologique
  • Séance 11 : détermination de la ou des fonctions associées à ces groupes de gènes

Compétences à acquérir

  • À la fin du cours, les étudiants
      ont des notions sur l’information génétique ;
  • sont sensibilisés au rôle de l’informatique pour le traitement des données biologiques ;
  • ont abordé quelques modèles classiques (simulation proie-prédateur, alignement de séquences, analyse fonctionnelle).
  • Ils peuvent
      implémenter une preuve de concept ;
  • utiliser les librairies standard du domaine ;
  • effectuer une simulation en en discuter les résultats.

Bibliographie, lectures recommandées

  • Documents de cours et annales disponibles sur l’ENT
  • The langage of life. Francis Collins.

Pré-requis

Profils attendus

Avoir suivi Informatique 1 en L1 et Probabilités au S3.